Antistoffer er immunforsvarets verkt?y for ? gjenkjenne og bekjempe virus, bakterier og andre fremmede stoffer som kan f?re til sykdom. Antistoffer er proteiner som sirkulerer i blodet. De er satt sammen av aminosyrer.
Men det har vist seg ? v?re vanskelig ? finne den n?yaktige rekkef?lgen av aminosyrer som bygger opp antistoffet.
– Hvis vi f?r vite hvilke antistoffer som faktisk finnes og i hvilke mengder, kan vi finne svar p? mange flere sp?rsm?l om immunforsvaret enn vi har i dag. Slik kunnskap kan f? stor betydning for utviklingen av 澳门葡京手机版app下载 og immunterapi, sier forsker Maria Chernigovskaya.
Forskerne utviklet et datasett som kan brukes til ? forske p? antistoffer
I en ny studie fra Universitetet i Oslo har hun sammen med kolleger gjennomf?rt en referansetest og utviklet et unikt datasett som kan brukes i forskning p? antistoffer. N?r forskere gj?r en referansetest, betyr det at de tester en teknologi systematisk for ? se hvor godt den fungerer. De ser p? hvor robust den er under ulike forhold og hva som kan forbedres.
– Den nye studien leverer den f?rste storskala referansetesten for antistoffer hvor vi kombinerte flere avanserte metoder for ? utvikle datasettet, sier forskeren.
Datasettet gir et felles, ?pent ?fasitgrunnlag? som hele feltet kan bruke til ? teste og forbedre metoder for ? studere antistoffer.
Studien er publisert i tidsskriftet Cell Systems.
I en ideell verden skal m?lingene stemme overens med fasiten
I studien testet forskerne hvor godt metodene klarte ? m?le mengden antistoffer i en pr?ve og finne rekkef?lgen av aminosyrer som bygger opp antistoffet.
Dette kalles ? sekvensere antistoffer.
Forskerne blandet antistoffer i kjente mengder, gjennomf?rte et stort antall analyser og sammenlignet resultatet fra testen med fasiten.
– I en ideell verden skal det vi m?ler stemme overens med det vi vet om datasettet, alts? mengden antistoffer og hvordan de er bygget opp, forklarer forskeren.
– S?rlig ved lave konsentrasjoner av en pr?ve viser studien at metodene ikke klarer ? m?le antistoffene godt nok, legger hun til.
Metodene de brukte gj?r det mulig ? studere ulike deler av antistoffene
Antistoffer er en type proteiner som er spesielt vanskelige ? m?le.
– Antistoffer er veldig like hverandre og samtidig endrer de seg hele tiden da immunforsvaret setter dem sammen litt etter litt. Dette utfordrer de verkt?yene vi har for ? studere dem, sier Chernigovskaya.
Forskerne brukte avanserte metoder for ? studere antistoffene. De kombinerte genomikk og proteomikk.
– Genomikk er en metode for ? studere gener mens proteomikk er en metode for ? studere proteiner, forteller forskeren.
– Begge metodene kan si noe om hvilke antistoffer som lages og hvordan de er satt sammen, fortsetter hun.
I tillegg brukte de analysemetoden massespektrometri.
Antistoffene klippes opp i sm? biter
For ? finne den n?yaktige rekkef?lgen av aminosyrer som bygger opp antistoffet, ?klipper? forskerne antistoffet opp i sm? biter.
– Det er som om vi deler opp antistoffene i ulike puslespillbrikker med en saks. Vi bruker deretter de avanserte metodene for ? studere de ulike brikkene, sier Chernigovskaya.
– Vi vil ogs? estimere hvor mye det er av hver bit. Det gir informasjon om hvor mye det er av de ulike antistoffene i pr?ven, forklarer hun, og fortsetter:
– Deretter fors?ker vi ? sette sammen den opprinnelige antistoffsekvensen for ? se hele ?puslespillet?.
Hva var viktig for ? lykkes?
Chernigovskaya og kolleger brukte flere ?r p? analysene og utviklingen av datasettet.
De fant ut at tre forhold skilte seg ut som s?rlig viktige for ? ?ke sannsynligheten for at testene var vellykket.
– Vi s? at konsentrasjonen av antistoffene har betydning og at antistoffene b?r deles opp p? mange forskjellige m?ter, forklarer hun, og fortsetter:
– Se for deg ulike typer sakser som klipper opp antistoffene p? forskjellige steder og i ulike m?nstre.
I tillegg var det en fordel ? bruke forskjellige beregningsverkt?y og kombinere algoritmer.
Datasettet er en ressurs for forskerfellesskapet
Det nye datasettet er ?pent tilgjengelig for andre forskere, b?de i inn- og utland. Professor Victor Greiff ved UiO er en av de sentrale forskerne bak studien. Han mener datasettet kan f? stor betydning for forskning p? antistoffer.
– Dette datasettet er ment ? v?re en ressurs for forskerfellesskapet. Hvis vi ?nsker at massespektrometri-basert antistoffm?ling skal bli like p?litelig og standardisert som andre omikks-teknologier, trenger vi ?pne referansesett som alle kan teste mot, fra akademiske laboratorier til industrien, sier han, og fortsetter:
– V?rt h?p er at dette arbeidet bidrar til bedre verkt?y, bedre muligheter for ? reprodusere studier og p? sikt bedre 澳门葡京手机版app下载 og immunterapier.
Referansetesten f?rer forskningen p? antistoffer videre
Forsker Tuula Nyman ved UiO er ekspert innen proteomikk. Hun peker p? at proteomikk basert p? massespektrometri er den eneste metoden som er tilgjengelig for denne typen studier av antistoffer.
– Referansetesten som er utf?rt i studien er avgj?rende for ? utvikle feltet videre, sier hun.
Hun mener at studien er et godt eksempel p? tverrfaglig 澳门葡京手机版app下载 ved UiO.
– Massespektrometri-proteomikk er fortsatt ikke alltid lett tilgjengelig for biologiske forskere. Kombinasjonen av ekspertisen p? avanserte beregninger i Greiffs gruppe med immunologi og proteomikk ved Institutt for immunologi er en unik sammensetning av kompetanse, mener forskeren, som leder Kjernefasiliteten for proteomikk.
Referanse
Chernigovskaya, M., Lê Qu?, K., Stensland, M., Singh, S., Nelson, R., Yilmaz, M., ... & Greiff, V. (2025). Systematic benchmarking of mass spectrometry-based antibody sequencing reveals methodological biases. Cell Systems, 16(11). Du finner artikkelen her.
Kontakt
Relaterte saker
Nyhetsbrev fra 澳门葡京手机版app下载snytt
F? tips om nye funn og innsikt fra Universitetet i Oslo.