Beskrivelse
Illumina DRAGEN (Dynamic Read Analysis for GENomics) Bio-IT-plattformen gir n?yaktig, ultrarask sekund?r genomisk analyse av sekvenseringsdata.
Vennligst ikke bruk DRAGEN for standard beregninger. Vi anbefaler deg sterkt ? lese DRAGEN-dokumentasjonen f?r du kj?rer en jobb, for ? forst? hvilke jobber og hva slags arbeidsflyt som kan tjene p? ? kj?re p? DRAGEN.
Dragen er en dedikert ressurs. Hvis du ?nsker ? kj?re jobber p? DRAGEN, send en e-post til tsd-drift@usit.uio.no.
Produktside for Dragen
https://www.illumina.com/products/by-type/informatics-products/dragen-bio-it-platform.html
Dokumentasjon
Mer informasjon om ? kj?re DRAGEN-jobber finner du i produsentens brukerdokumentasjon og veiledningen for beste praksis (PDF).
Bruk av DRAGEN
Brukere b?r bruke Dragen ved ? bruke et standard jobbskript, bortsett fra:
Modifiser --account til ? inkludere _dragen:
#SBATCH --account=pXX_dragen
PATH=$PATH:/opt/edico/bin/
Viktig:
- Kun én jobb kan kj?res p? DRAGEN om gangen. En jobb vil f? eksklusiv tilgang til alle CPUer og RAM p? noden. Hvis det er en jobb som kj?rer, vil alle andre innsendte jobber v?re i ventetilstand (PD) inntil den kj?rende jobben avsluttes.
- N?r en jobb som ber om kjerner sendes inn (f.eks. #SBATCH -c 6) vil ventende jobber rapporteres (ReqNodeNotAvail, UnavailableNodes:dragen-2).
- $HOME (/tsd/pXX/home) monteres automatisk p? DRAGEN-noden.
- Jobber kan sendes inn fra $HOME eller fra /cluster/projects/pXX. Ikke utf?r beregninger (fil I/O) i $HOME. I/O tunge jobber b?r bruke $SCRATCH, den lokale /staging/projects/pXX eller /cluster/projects/pXX.
- $SCRATCH vil automatisk bli slettet etter utf?relsen av jobben, men den lokale /staging/projects/pXX-disken vil ikke det, og det er brukernes ansvar ? rydde i denne etter at jobben har blitt utf?rt. Ikke lagre data her permanent.
- Hvis du f?r feilmeldinger om at vanlige kommandoer ikke blir funnet, skyldes dette at bin (eller mindre sannsynlig, sbin) mangler i $PATH. Dette skjer fordi jobber arver milj?et sitt fra skallet som kj?rer sbatch. Dette kan l?ses ved enten ? legge det til $PATH i skallet som kj?rer sbatch, eller ved ? legge det til jobbskriptet ditt.
Noder
Det er for tiden 2 Dragen-noder i Colossus og begge kj?rer versjon 4.0.3. For ? velge en spesifikk node, legg til f?lgende linje i skriptet ditt:
#SBATCH --nodelist=dragen-3
Programvare
Programvare moduler er for ?yeblikket ikke tilgjengelige p? DRAGEN. Programvare kan installeres p? foresp?rsel. DRAGEN-kommandoer fungerer som normalt.
Regnskap
Regnskapet er satt opp slik at en jobb p? DRAGEN st?r for 28 PEer (dvs. antall CPUer p? maskinen). Dette betyr at du vil bli belastet som om du kj?rte p? en normal node med alle tilgjengelige 28 CPUer.
Ring oss
Vi har ?pent mellom 08:30 og 17:00 p? hverdager,
og mellom 10:00 og 15:00 p? l?rdager.
Telefonnummer: 22 84 00 04
Send inn sak til oss
Du kan sende inn din foresp?rsel via e-post til: it-hjelp@uio.no.
G? til e-postBook et videom?te over Zoom
Er du student eller ansatt kan du avtale veiledningstime hos UiO Helpdesk over Zoom. Tilgjengelige tider er tirsdag til torsdag mellom 11:00 og 13:00.
Book et videom?te