Lettvekst-beregninger (Lightweight HPC) (freebio[2-4], bioint0[1-4]) er en ressurs for alle UiO-brukere som er interessert i ? teste ut vitenskapelige applikasjoner, simuleringsprogramvare, parallellkode etc. Denne tjenesten er uten kostnad for alle UiO brukere.
Dette er frittst?ende maskiner for lavterskelbruk.
Hva er Freebio[1-4] ?
- Dette er ARM-baserte servere som kj?rer Linux (RHEL/Ubuntu) og er av de sv?rt f? ARM-baserte HPC-serverne i produksjon i Norge. Prosessorene kj?rer alle et stort sett med programvare og er popul?re for Julia og R.
- Freebio1 + Freebio2 har 64 kjerner (Cortex A72), 256 GiB RAM og en 36 TiB lokal disk og kj?rer RHEL.
- Freebio[3-4] har 96 kjerner (Neoverse N1), 512 GiB RAM og et 3,5 TiB scratch omr?de (/scratch) p? lokal NVME-disk og kj?r Ubuntu.
Kom i gang
Freebio[1-4] og Bioint0[1-4] er tilgjengelig for alle UiO-brukere og 澳门葡京手机版app下载spartnere som er tildelt UiO-konto.
F? tilgang ved ? fylle ut dette nettskjemaet.
Hva er bioint0[1-4]?
- Dette er AMD/Intel-baserte servere som kj?rer Linux (RHEL) og et utvalg programvare. Vanlig programvare installeres som moduler og ytterligere programvare kan installeres ved behov.
- bioint01 har AMD EPYC 7501 CPUs, 128 kjerner og 128 GB RAM and a 7.3 TB scratch area (/work) on local disk.
- bioint0[2-4] har Intel Xeon E5-2690 CPUs, 32 kjerner og 512 GB RAM hver.
- Merk at det ikke er noe batchsystem, det vil si at du ikke kan kj?re jobber som spenner over to maskiner (som p? et typisk HPC-system). Det er derfor ikke noe k?system, s? bruk maskinene p? en solidarisk m?te!
Hva kan jeg lagre p? lettvekts-beregningsserverne ?
Tilgang
Be om tilgang ved ? fylle ut dette nettskjemaet. N?r tilgang er gitt, logger du p? maskinen ved hjelp av Secure Shell (SSH) i en terminal. SSH-p?logging er tilgjengelig for Linux eller Mac OSX (eller andre UNIX-baserte systemer). P? Windows-maskiner kan du benytte ssh klienten i PowerShell, eller for eksempel PuTTY.
Hvis du er p? UiO-nettverket kan du:
ssh <username>@<server>.hpc.uio.no
Erstatt <username> med ditt registrerte UiO brukernavn, og <server> med navnet p? aktuell server, f.eks. freebio1.
Men hvis du er utenfor UiO-nettverket m? du f?rst g? via en UiO-maskin:
ssh <username>@login.uio.no ssh <server>.hpc.uio.no
Eller kombinert til en enkelt kommando:
ssh -J <username>@login.uio.no <username>@<server>.hpc.uio.no
Delt hjemmeomr?de
Brukere av Lightweight HPC-maskiner f?r en hjemmekatalog som deles mellom alle Lightweight HPC-maskiner, men som er atskilt fra deres vanlige UiO-hjemmekatalog, noe som muliggj?r enkel dataoverf?ring mellom maskinene.
Programvare
Vi installerer programvare p? lightHPC ved hjelp av EasyBuild-rammeverket. Modulsystemet lar deg se hvilken programvare som er tilgjengelig og laste den inn for bruk.
For ? se tilgjengelig programvare, kj?r f?lgende kommando:
module avail
For ? laste en modul, bruk navn og fullversjon av modulen:
module load <some-package-listed-in-module-avail>
For eksempel:
module load R-bundle-Bioconductor/3.12-foss-2020b-R-4.0.3
For ? f? et rent milj? og fjerne alle lastede moduler:
modul purge
Installert programvare
- Python, R, Bioconductor, Julia, Singularity (installert p? alle seks serverne)
- MATLAB, Gaussian, Molpro (bare for x86_64, dvs. bioint0[1-4])
- GATK, Keras, Tensorflow (bare aarch64, dvs. freebio1 og freebio2 for ?yeblikket)
- Qiime (bare p? bioint01 for ?yeblikket)
Programvareforesp?rsler
Hvis du trenger ekstra programvare eller ?nsker at vi skal oppgradere en eksisterende programvarepakke, gj?r vi gjerne dette for deg (eller hjelper deg med ? installere den selv hvis du foretrekker det).
Be om programvare ved ? fylle ut dette nettskjemaet.
Den gir oss den relevante informasjonen n?dvendig for installasjonen. Etter ? ha fylt ut nettskjemaet vil det bli opprettet en sak i RT og vi vil komme tilbake til deg med installasjonsfremdriften.
Kontakt
Er det noe du lurer p? i forbindelse med Lightweight-HPC ressursene?
- Send oss e-post p? hpc-drift@usit.uio.no