R-hjelp
til exercise 15 i BSS
# Dataene gjelder en (gammel) studie av pasienter
med leukemi, som er behandlet slik
at de er symptomfrie.
# De f?r s? enten en aktiv
behandling ("Drug") eller
placebo ("Control") for ? holde symptomene borte.
# Det m?les tid (i
uker) til pasientene f?r tilbakefall, dvs. symptomene kommer tilbake.
#
Les inn dataene og
navnene p? variablene og se p? dataene:
gehan<-read.table("http://www.uio.no/studier/emner/matnat/math/STK4900/v07/annet/gehan.dat",
header=T)
gehan
#
Kontroller at dataene er de samme som
er gitt i
oppgaven:
#
"time" er tid til tilbakefall eller sensurering
#
"cens" er lik 1 hvis det
er tid til
tilbakefall og
lik 0 hvis det er tid
til sensurering
#
"treat" er lik 1 for "Control" og lik 2 for "Drug"
#
Gj?r variablene i datarammen tilgjengelige
attach(gehan)
#
Last inn R-bibiloteket for levetidsanalyse:
library(survival)
#
PUNKTENE 1 og 3
# Beregn Kaplan-Meier estimatene for de to gruppene (uten konfidensintervall)fit.1<-survfit(Surv(time,cens)~treat, conf.type="none")summary(fit.1)
# Pass p? at du forst? hva outputen forteller deg! # Plotter Kaplan-Meier estimatene:plot(fit.1,lty=1:2)
# Fortolk plottene.
# Les av plottene (omtrent) hva medianen er for de to gruppene.# (Medianen er den tiden som svarer til 50% overlevelse.)# Kontroller avlesningen ved ? gi kommandoen "print(fit.1)" (eller bare "fit.1") #
PUNKT 2
# Beregn Kaplan-Meier estimatene for de to gruppene med konfidensintervall# (valget av default konfidensintervall i R er lite velvalgt, s? vi velger eksplisitt type konfidensintervall) fit.1<-survfit(Surv(time,cens)~treat, conf.type="plain")summary(fit.1)
plot(fit.1, conf.int=T, lty=1:2)
# Fortolk outputen og plottet. # S? ser vi p? ekstrapunktene til oppgaven gitt p? kursets webside # PUNKT 4 # Log-rank test for forskjell mellom gruppene:survdiff(Surv(time,cens)~treat)
# Hva sier outputen deg?
# PUNKT 5 # Cox-regresjon med behandlingsgruppe som kovariat:fit.5<-coxph(Surv(time,cens)~treat)summary(fit.5)
#
Fortolk resultatene!