| Dato | Undervises av | Sted | Tema | Kommentarer / ressurser |
| 02.01.2007 | ? | ? | ? | Dette er en forel?pig plan...? |
| 23.01.2007 | Torbj?rn Rognes? | Seminarrom 511, Veglaboratoriet? | Introduksjon til kurset. Globale sekvenssammenstillinger. Dynamisk programmering.? | Kap 1. Artikkel av Sean Eddy om dynamisk prog.? |
| 30.01.2007 | Torbj?rn Rognes? | Seminarrom 511, Veglaboratoriet? | Lokale sekvenssammenstillinger og s?king. Sammenstillinger med line?rt minnebruk.? | Kap 2, tom side 34. Utdelt artikkel av Myers & Miller. 澳门葡京手机版app下载 program: SSEARCH.? |
| 06.02.2007 | Torbj?rn Rognes? | Seminarrom 511, Veglaboratoriet? | BLAST og statistisk signifikans? | Kap 2, fom side 34. Kap 3, unntatt side 51-55. Artikkel av Altschul et al.? |
| 13.02.2007 | Torbj?rn Rognes? | Seminarrom 511, Veglaboratoriet? | Diverse heuristiske sammenstillingsalgoritmer for raske s?k. Parallellisering? | Artikler om f?lgende aktuelle programmer: FASTA, BLAT, SSAHA, ParAlign.? |
| 20.02.2007 | Torbj?rn Rognes? | Seminarrom 511, Veglaboratoriet? | Fylogenetiske tr?r. Introduksjon. Rekonstruksjonsmetoder. Bootstrapping.? | Kap 4, side 74-87.? |
| 27.02.2007 | Torbj?rn Rognes? | Seminarrom 511, Veglaboratoriet? | Flersekvenssammenstillinger. DP. Sum-of-pairs. Progressiv metode. ? | Kap 4, side 65-74, 87-97. Aktuelle programmer: CLUSTALW, T-Coffee, MUSCLE.? |
| 06.03.2007 | Torbj?rn Rognes? | Seminarrom 511, Veglaboratoriet? | Scoringsmatriser. PAM. BLOSUM.? | Kap 5. Artikkel av Eddy om scoringsmatriser.? |
| 13.03.2007 | Torbj?rn Rognes? | Seminarrom 511, Veglaboratoriet? | Sekvensprofiler. PSI-BLAST? | Kap 6, side 123-134. Artikkel av Altschul et al.? |
| 20.03.2007 | Torbj?rn Rognes? | Seminarrom 511, Veglaboratoriet? | Skjulte Markovmodeller, konstruksjon, s?king. ? | Kap 6, side 134-140. Artikkel av Sean Eddy om Hidden Markov models. 澳门葡京手机版app下载 program: HMMer.? |
| 27.03.2007 | ? | ? | Fri? | ? |
| 03.04.2007 | ? | ? | P?ske? | ? |
| 10.04.2007 | ? | ? | Fri? | ? |
| 17.04.2007 | Torbj?rn Rognes? | Seminarrom 511, Veglaboratoriet? | RNA-gener. Sekund?rstruktur. Kovarians.? | Artikkel av Sean Eddy om RNA-struktur.? |
| 24.04.2007 | Torbj?rn Rognes? | Seminarrom 511, Veglaboratoriet? | Identifisering av proteinkodende gener. Kodonbruk.? | Artikkel.? |
| 01.05.2007 | ? | ? | Fri? | ? |
| 08.05.2007 | Torbj?rn Rognes? | Seminarrom 511, Veglaboratoriet? | Sekvensm?nstre, motifs. Gibbs sampler.? | Kap 7 (utdrag). Artikler om Gibbs sampler og m?nsterfinning.? |
| 15.05.2007 | ? | ? | ? | Ingen undervisning.? |
| 22.05.2007 | Ian Donaldson? | Seminarrom 511, Veglaboratoriet? | Graph theory and related algorithms for computational biology? | ? |
| 25.05.2007 | Jon K L?rdahl? | Seminarrom 511, Veglaboratoriet? | Proteinstrukturprediksjon? | ? |
| 29.05.2007 | Torbj?rn Rognes? | Seminarrom 511, Veglaboratoriet? | Oppsummering og sp?rsm?l? | ? |
| 01.06.2007 | ? | Seminarrom 408, Veglaboratoriet? | Muntlig eksamen? | ? |
Undervisningsplan
Publisert 2. jan. 2007 16:58
- Sist endret 14. mai 2007 19:04