INF5340 – Algoritmer i bioinformatikk
Beskrivelse av emnet
Kort om emnet
Kurset dekker mange av algoritmene som ligger til grunn for en rekke praktiske dataverkt?y som brukes til sekvensanalyse og annen analyse innen bioinformatikk. B?de klassiske og moderne metoder vil bli studert i detalj, inkludert forskjellige algoritmer for parvis sammenstilling og flersekvenssammenstilling (f.eks. ClustalW), konstruksjon av fylogenetiske tr?r, raske algoritmer for sekvensdatabases?k (f.eks. BLAST og SSAHA), og konstruksjon av og s?king med sekvensprofiler og skjulte Markovmodeller (f.eks. PSI-BLAST og HMMer). Utvalgte andre emner kan ogs? bli inkludert (f.eks. protein- og RNA- strukturprediksjon, litteraturanalyse, genfinning).
Hva l?rer du?
Emnet passer for master- og doktorgradsstudenter og vil gi et godt grunnlag for ? forst? hvordan mange av de viktigste algoritmene innen bioinformatikk fungerer og hvorfor de er i stand til ? l?se de problemene som de er designet for. Forst?elsen vil v?re en ypperlig bakgrunn for dem som ?nsker ? utnytte eksisterende verkt?y best mulig eller for dem som vil utvikle egne bioinformatikkverkt?y. I ?vingene vil man blant annet reimplementere sentrale deler av noen av algoritmene.
Opptak og adgangsregulering
Studenter m? hvert semester s?ke og f? plass p? undervisningen og melde seg til eksamen i Studentweb.
Dersom du ikke allerede har studieplass ved UiO, kan du s?ke opptak til v?re studieprogrammer, eller s?ke om ? bli enkeltemnestudent.
Forkunnskaper
Anbefalte forkunnskaper
INF1020 – Algoritmer og datastrukturer (nedlagt), INF2300 – Grunnkurs i bioinformatikk (nedlagt)/INF3350 – Grunnkurs i bioinformatikk (nedlagt)/INF4350 – Grunnkurs i bioinformatikk (videref?rt)/INF5330 – Bioinformatikk (nedlagt)/INF325 og INF3330 – Probleml?sning med h?yniv?-spr?k (nedlagt)/ INF4330 – Probleml?sning med h?yniv?-spr?k (nedlagt).
Undervisning
2 timer forelesning og 2 timer gruppe?ving hver uke. To obligatoriske oppgaver m? v?re best?tt for ? kunne g? opp til eksamen.
Eksamen
Muntlig eksamen.
Karakterskala
Emnet bruker karakterskala fra A til F, der A er beste karakter og F er stryk. Les mer om karakterskalaen.
Adgang til ny eller utsatt eksamen
Dette emnet tilbyr ikke ny eksamen i begynnelsen av p?f?lgende semester til kandidater som stryker eller trekker seg under ordin?r eksamen. For generelle opplysninger om ny og utsatt eksamen, se /studier/admin/eksamen/sykdom-utsatt/mn/index.html
Annet
Det er obligatorisk oppm?te p? f?rste forelesning.
Tilsynssensor for emnet er: Lars Snipen