Over 3000 norske kvinner f?r brystkreft hvert ?r. Fem av seks er i live etter fem ?r. Sykdommen arter seg sv?rt forskjellig. 600 d?r hvert ?r. Noen allerede etter kort tids sykeleie.
For ? forst? sykdommen best mulig, er det n?dvendig ? kartlegge alle genendringene i svulsten i minste detalj og hvordan de p?virker funksjon-ene i svulsten. Da har forskerne muligheten til ? skj?nne sammenhengen mellom genendringene, sykdomsforl?pet, hvordan behandlingen fungerer og sannsynligheten for ? overleve.
Det er ikke mulig ? finne ut av dette ved ? stud-ere genm?nstrene til dagens brystkreftpasienter. For ? lage en god modell som kan si noe om risiko-en for tilbakefall og hvem som vil overleve eller ei, m? dette f?rst gj?res p? pasienter som er blitt behandlet for kreft for mange ?r siden og som er fulgt over lang tid, og hvor det allerede er kjent hvem som har overlevd eller ei.
Gentester gamle kreftpr?ver.
Det finnes sv?rt gode kliniske data fra 2200 brystkreftpasienter som er blitt behandlet for lang tid tilbake. Forskere har derfor sammenlignet genm?nstrene i kreftsvulstene til disse pasientene med hvilken behand-ling de fikk og hvordan det gikk med pasientene.
– Vi har analysert alle tumorene p? ny med dagens genteknologiske metoder. Vi har sett p? detaljerte genforandringer p? DNA-niv? og p? genuttrykket til alle genene p? RNA-niv?, for ? f? vite hvilke gener som er skrudd av og p?. Vi har ogs? hentet inn opplysninger fra journalene til alle pasientene og kartlagt hvordan svulstene s? ut, hvilken behandling pasientene fikk og hvordan det gikk med dem, forteller Anne-Lise B?rresen-Dale.
B?rresen-Dale er professor p? Institutt for kreftforskning ved Oslo universitetssykehus og leder av K.G. Jebsen-senteret for brystkreftforsk-ning ved Universitetet i Oslo. Hun er en av landets fremste forskere p? brystkreft og har viet store deler av livet sitt til ? finne frem til hvilken kombinasjon av gener som f?rer til brystkreft og hvilke gener som gir den mest aggressive formen. Hun 澳门葡京手机版app下载er tett med bioinformatikere. De bist?r medisinerne med ? finne genm?nstrene ved hjelp av statistiske metoder og tunge databeregninger.
Pasienter fra tre land. Informasjonen fra 2000 britiske og kanadiske pasienter ble brukt til ? lage en genmodell om hvordan det gikk med pasient-ene. Dataene fra 200 norske brystkreftpasienter ble brukt til ? bekrefte modellene.
Selv med analysen fra s? f? norske pasienter ble de bioinformatiske modellene mye bedre.
– Noe av forklaringen er den lange oppf?lging-en av pasientene og de sv?rt gode molekyl?re og kliniske dataene. Norge har mye mer robust helseinformasjon enn andre land.
30 forskerteam konkurrerte. B?rresen-Dale har dessuten innf?rt en helt ny metode innenfor norsk kreftforskning, som gj?r det mulig ? f? langt raskere svar.
Ved ? ta i bruk ?crowdsourcing? – alts? visdommen fra mange – etter modell fra Wikipedia og andre dugnadsbaserte systemer, har hun med sin ?pne plattform tiltrukket seg 30 internasjonale forskerteam. De har bygd og forbedret modeller som alle kunne se og kommentere parallelt.
– P? den m?ten fikk vi b?de raskere og mer presise resultater.
B?rresen-Dale peker p? flere fordeler med ?visdommen fra mange?. – Hvis bare en enkelt forskergruppe hadde g?tt l?s p? dataene v?re, ville faren v?rt til stede for at de s? seg blinde p? dataene og gikk i feil spor.
Innenfor tradisjonell medisinsk forskning publi-seres dataene etter to til tre ?r. S? m? dataene bekreftes. Det kan derfor ta mer enn fem ?r f?r det er mulig ? bekrefte om modellen fungerer.
– Ved hjelp av den nye metoden v?r har vi greid det i l?pet av et par m?neder, sier B?rresen-Dale.
Metoden hennes er allerede velkjent fra Big Bang-forskningen p? CERN i Genève, som lar alle mulige forskerteam f? tilgang til dataene.
– N?r alle kan forske p? tallmaterialet samtidig, helt uavhengig av hverandre, blir det konkurranse om hvem som gj?r det raskest. Dette er et paradigmeskifte innenfor medisinsk forskning. Metoden er for f?rste gang anvendt innenfor medisin og p? molekyl?re og kliniske data.
Frister med gulldata.
Konkurransen foregikk i tre steg. Det ble benyttet tre datasett. De to f?rste fra de britiske og kanadiske pasientene. Det siste datasettet var norsk.
Det f?rste datasettet som forskerne fikk, inneholdt informasjon om molekyl?re data og overlev-else. Med dette datasettet kunne de lage en modell som predikerte hvem som overlevde eller ei.
Med det neste datasettet, som var blindet for informasjon om overlevelse, kunne forskerne teste modellen. Deretter fikk de fasiten for ? kunne forbedre modellen.
Til slutt fikk forskerne det siste og helt ubrukte datasettet p? 200 pasienter fra Norge, der de kunne teste modellene sine.
– Hvordan klarte dere ? f? s? mange forsker-grupper med dere?
– Jeg tror det var en kombinasjon av at forsk-ningen var ?pen, at de to f?rste britiske og kanad-iske datasettene var s? store og at det i tillegg l? et uanalysert datasett i den andre enden med ?gulldata? som premie. Og alle visste: De som gjorde det best, ble kreditert. Premien var ? bli publisert i Science Translation Medicine.
– Hva med dem som ikke blir kreditert?
– F? bioinformatikere bruker CV. De bruker nettet for ? sjekke hva andre har gjort. Prosjektene v?re er derfor gode arbeidsreferanser. Denne m?t-en ? tenke p? vil kunne endre den akademiske m?ten ? jobbe p?, poengterer B?rresen-Dale.
Internasjonalt l?ft.
Teamet til B?rresen-Dale deltar ogs? i en stor internasjonal unders?kelse der de sammenligner de molekyl?re m?nstrene i prim?rsvulster til mer enn 25 000 kreftpasienter. Resultatene fra de 7000 f?rste svulstene, hvorav 20 var norske, ble nylig publisert i Nature.
– Det er dyrt ? generere data. Dette er kollektiv forskning og et sv?rt internasjonalt l?ft. Forskerne har allerede funnet over 5000 millioner mutasjon-er i de 7000 tumorene. Genskadene ser ut til ? danne spesielle m?nstre. M?nstrene kan si noe om hva som har v?rt den bakenforliggende ?rsaken til sykdommen. Noen av dem kan f?res tilbake til r?yking, UV-str?ling og aldring. Slik kunnskap vil i fremtiden kunne benyttes til forebyggende tiltak, poengterer Anne-Lise B?rresen-Dale.