Forskere ved Universitetet i Oslo og Radiumhospitalet har 澳门葡京手机版app下载et om ? finne en helt ny metode for ? kartlegge hva som skjer i et DNA-molekyl n?r celler deler seg. I over femti ?r har det v?rt kjent at DNA er bygd opp av doble tr?der i spiralstrukturer. Disse spiralstrukturene er forutsetningen for alt liv. Likevel vet forskerne sv?rt lite om hvordan den fysiske sammensetningen og organiseringen av DNA-molekylet p?virker de biologiske prosessene i cellen.
– Man skulle tro at dette var kjent, men ingen har v?rt i n?rheten av ? skaffe seg oversikt, forteller Eivind Hovig , som b?de er professor i bioinformatikk ved Institutt for informatikk og forskningsgruppeleder for Avdeling for tumorbiologi ved Radiumhospitalet.
Forskerteamet var interessert i ? studere hva som skjer med DNA-molekylet b?de n?r cellene lager datterceller og n?r cellene lager proteiner. Begge gangene oppst?r det s?kalte bobler i DNA-molekylet. Med bobler mens det at de to tr?dene i DNA-molekylet g?r fra hverandre lokalt. Det viser seg at stabiliteten til disse boblene er avhengig av hvordan DNA-sekvensen er satt sammen.
Forskerne vet at DNA, med sin milliardlange sekvens av basepar, oftere danner bobler der bindingene mellom de to parallelle DNA-tr?dene er svakest. Noen av bindingene er svakere enn andre. Men det er ikke bare slik at sannsynligheten for bobler ?ker med mange svake bindinger p? rad. En boble kan p?virke nye bobler p? helt andre steder i sekvensen.
Bobleberegning
Stabiliteten av DNA kan unders?kes mye enklere i et reagensr?r enn inne i en enkelt celle. ?rsaken er at DNA-spiralen ogs? deler seg i to enkelttr?der n?r reagensr?ret blir varmet opp.
– Ved seksti grader dannes det sm? bobler. Etter hvert som temperaturen ?ker, vokser boblene helt til DNA-tr?dene detter fra hverandre, sier Eivind Hovig.
Det er nettopp utviklingen av disse boblene forskningsgruppen ved Universitetet i Oslo har kartlagt. Fordi boblene aldri er like, gis svarene i sannsynligheter.
– Metoden v?r kan alts? forutsi hvor boblene oppst?r og med hvilken sannsynlighet og med hvilken utstrekning. I dagens beregninger f?r man bare en sannsynlighet for om DNA-tr?den deler seg eller ikke. Intet om hvordan boblen ser ut eller om det dukker opp nye bobler andre steder. S? metoden v?r er et helt nytt verkt?y for ? kartlegge dynamikken i DNA og er et skritt n?rmere for ? vite hva som skjer i cellekjernen, forteller fysiker Eivind T?stesen .
Tallknuser
Verken han eller de to 澳门葡京手机版app下载spartnerne, Eivind Hovig og hovedfagsstudent Geir Ivar Jerstad , har tort ? beregne hvor lang tid det tar ? beregne hele den menneskelige DNA-sekvensen. For beregningene krever s? stor datakraft at de bare kan kj?re beregninger p? mindre sekvenser av arvestoffet om gangen.
Ved ? koble resultatene fra denne metoden, som kalles stich profiles eller s?mprofiler p? godt norsk, kan man n? forst? atlaset over det menneskelige DNA p? nye m?ter.
Og sist, men ikke minst:
– I kreftforskningen vil det v?re naturlig ? bruke metoden til ? forklare de delene av DNA-sekvensen som oppf?rer seg unormalt, forklarer professor Eivind Hovig.